Als 17jähriger Gymnasiast führte Stefan Gubser zusammen mit seinem Schulkollegen Andra Zogg die „Publikumsbeschimpfung“ von Peter Handke als Schulvorstellung auf – mit solchem Erfolg, dass sie spontan vom Direktor des Stadtheaters Chur eingeladen wurden. Dies war seine Geburtsstunde als Schauspieler.
Den ersten grösseren Auftritt nach seiner Ausbildung am Max Reinhard Seminar in Wien hatte er 1980 als Otto in Frank Wedekinds „Frühlingserwachen“ am Burgtheater in Wien. Weitere Engagements führten ihn quer durch Deutschland, auf grosse und kleinere Bühnen, unter anderem zum hessischen Staatstheater in Wiesbaden, dem bayrischen Staatsschauspiel in München und diverse Bühnen in Frankfurt, Essen und Zürich. Er verkörperte unterschiedlichste Figuren und bewies sein Talent als Schauspieler und Sänger in klassischen wie auch modernen Stoffen und Inszenierungen. In der Schweiz überzeugte er ein breites Publikum mit den beiden von ihm selbst produzierten Theateraufführungen „alte Freunde“ und „Rockerbuebe“.
Zuletzt stand er 2018 als Bassa Selim aus der „Entführung aus dem Serail“ von Mozart auf der Bühne des Opernhauses Zürich.